İnek sütünün %95'i protein yapısındadır. Bu proteinlerin %80’si kazein, %20’si whey proteinlerden oluşur. Süt proteinleri çoğu esansiyel olmak üzere 19 amino asit içerirler. Amino asitler hem vücudun yapıtaşı, hem de enerji kaynağıdır.
Kazein sütün pıhtılaşan kısmıdır. Kazein içeriğindeki Prolin, amino asitlerinden dolayı hazmı zor bir maddedir. Kazein yapısındaki fosfor nedeniyle aynı zamanda bir fosfolipiddir. Ayrıca kalsiyum, sitrat ve potasyum da içerir. Kazeinin vücutta sindirilmesi 7-8 saat sürer. Uzun süren sindirimi ve anti-katabolik etkisinden dolayı tok tutan bir gıda takviyesi olarak zayıflamak maksadıyla kullanılmaktadır.
Whey proteinlere peynir altı suyu da denir. Sütün pıhtılaşmayan kısmıdır. Alfa laktalbümin triptofan, beta laktalbümin metionin, sistin ve sistein amino asitlerini içerir. Aynı zamanda daha fazla esansiyel aminoasite sahiptirler. Whey proteinler ise başlıca laktalbümin, laktoglobülin ve serum albümin şeklinde bulunurlar. Kolay sindirilirler. Laktalbüminin alfa, beta ve immunglubülin alt grupları vardır. Whey proteinler besleyici ve bağışıklık sistemine etkili oldukça biyoaktif besinlerdir.